Cold Spring Harbor Protocols 审稿状态变化-刊鹿论文编译

An RNA-Seq Protocol for Differential Expression Analysis.

Abstract:

Here we consider RNA-Seq, used to measure global gene expression through RNA fragmentation, capture, sequencing, and subsequent computational analysis. Xenopus, with its large number of RNA-rich, synchronously developing, and accessible embryos, is an excellent model organism for exploiting the power of high-throughput sequencing to understand gene expression during development. Here we present a standard RNA-Seq protocol for performing two-state differential gene expression analysis (between groups of replicates of control and treated embryos) using Illumina sequencing. Samples contain multiple whole embryos, and polyadenylated mRNA is measured under relative normalization. The protocol is divided into two parts: wet-lab processes to prepare samples for sequencing and downstream computational analysis including quality control, quantification of gene expression, and differential expression.

Author Listing： Nick D L Owens;Elena De Domenico;Michael J Gilchrist

Volume： 2019 6

Pages： \n pdb.prot098368\n

DOI： 10.1101/pdb.prot098368

Language： English

Journal： Cold Spring Harbor protocols

Cold Spring Harbor Protocols

影响因子：0.0

是否综述期刊：否

是否OA：否

是否预警：不在预警名单内

发行时间：-

ISSN：1940-3402

发刊频率：-

收录数据库：Scopus收录

出版国家/地区：-

出版社：Cold Spring Harbor Laboratory Press

期刊介绍

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偏重研究方向	Biochemistry, Genetics and Molecular Biology-Biochemistry, Genetics and Molecular Biology (all)
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